Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- a -

• acePopsup : acewriteralgomaker.cc
• aceWriter : acewriteralgomaker.cc
• alphabet : realigneralgo.cc
• associate_func_t : trdb.h

- b -

• base_t : mal_readonly.h
• bt_compare_func_t : trdb.h

- c -

• chromat : generalmaker.cpp
• clear_args : cmdline.c
• cmdline_parser() : cmdline.h, cmdline.c
• cmdline_parser_print_help() : cmdline.h, cmdline.c
• cmdline_parser_print_version() : cmdline.h, cmdline.c
• consAlgo : consalgomaker.cc
• consPopsup : consalgomaker.cc

- d -

• dnastr : generalmaker.cpp
• dnp : generalmaker.cpp
• dnp_type() : dnp_types.h
• dnpAlgo : dnpalgomaker.cc
• dnpPopsup : dnpalgomaker.cc
• dnpSearchAlgo : dnpsearchalgomaker.cc
• dnpSearchPopsup : dnpsearchalgomaker.cc
• dnpSortAlgo : dnpsortmaker.cc
• dnpSortPopsup : dnpsortmaker.cc

- f -

• findMatesAlgo : findmatesalgomaker.cpp
• findMatesPopsup : findmatesalgomaker.cpp

- g -

• gengetopt_strdup() : cmdline.c

- h -

• hookBeforeCreate() : substringdata.h

- i -

• implement : substringdata.h

- l -

• LayAlCont : realigneralgo.cc

- m -

• main() : main.cpp
• moveAlgo : movealgomaker.cpp
• movePopsup : movealgomaker.cpp

- o -

• operator!=() : MalWrapper.hpp
• operator+() : MalWrapper.hpp
• operator-() : MalWrapper.hpp
• operator<<() : trappervector.h
• operator==() : MalWrapper.hpp
• operator>>() : trappervector.h

- p -

• PACKAGE : cmdline.h
• printAlgo : printalgomaker.cc
• printPopsup : printalgomaker.cc

- q -

• qual_t : mal_readonly.h
• quality : generalmaker.cpp

- r -

• readData : generalmaker.cpp
• readListAlgo : readlistalgomaker.cc
• readListPopsup : readlistalgomaker.cc
• readnamesAlgo : readnamesalgomaker.cc
• readnamesPopsup : readnamesalgomaker.cc
• realignerAlgo : realigneralgomaker.cc
• realignerPopsup : realigneralgomaker.cc
• removeAlgo : removealgomaker.cc
• removePopsup : removealgomaker.cc

- s -

• SecItDict : viewmode.h
• setFromDbt() : generaldata.cpp
• sortAlgo : sortalgomaker.cc
• sortPopsup : sortalgomaker.cc
• strandPopsup : strandsalgomaker.cc
• strandsAlgo : strandsalgomaker.cc
• strdup : cmdline.c
• subsetAlgo : subsetalgomaker.cc
• subsetPopsup : subsetalgomaker.cc

- t -

• TR_DNA : trappertypes.h
• TR_PIX : trappertypes.h
• trashAlgo : trashmaker.cc
• trashPopsup : trashmaker.cc
• trashRemoveAlgo : trashremovealgomaker.cc
• trashRemovePopsup : trashremovealgomaker.cc
• TrDbMap : trapperdoc.h

- v -

• VERSION : cmdline.h

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